同种异体抗原(alloantigen)是存在于人和同种动物的不同个体(同卵孪生者除外)的抗原物质。当一个个体的细胞或组织进入另一机体时,可引起免疫应答。人类血液中的红细胞血型抗原和白细胞抗原均属此类。例如A型红细胞输入B型机体,B型机体内的抗A抗体能凝集A型红细胞,在补体参与下,导致A型红细胞溶解,发生输血反应。在人类白细胞和其他组织细胞的细胞膜上所具有的人类白细胞抗原,又称组织相容性抗原,除同卵孪生者外,皆不相同。因此在同种异体间进行皮肤及器官移植时,可引起移植排斥反应。