无菌操作法是指整个过程控制在无菌条件下进行的一种操作方法。该法适合于一些不耐热药物的注射剂、眼用制剂、皮试液、海绵剂和创伤剂的制备。按无菌操作法制备的产品，一般不再灭菌。为了保证其无菌，对特殊（耐热）品种亦可进行再灭菌(如青霉素G等)。最终采用的灭菌产品，其生产过程一般采用避菌操作（尽量避免微生物污染），如大部分注射剂的制备等。
