鞭毛菌的菌丝可直接形成或发育成各种形状的游动孢子囊,游动孢子囊内的原生质体分割成许多小块,小块逐渐变圆,围以薄膜而形成游动孢子。游动孢子肾形、梨形或球形,具一或二根鞭毛,在水中游动一段时间后,鞭毛收缩,产生细胞壁进行休眠,然后萌发形成新个体。可见于一些藻类及菌类。