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然而，这个过程很危险，因为受者的[[白细胞]]因放疗和化疗而受到破坏。移植的骨髓需要2～3周才能产生足够的白细胞来防止[[感染]]。因此，在这段时间，严重感染的危险率很高。另一个问题是新的骨髓细胞产生具有[[自身免疫]]活性的细胞攻击[[宿主]]细胞，引起[[移植物抗宿主病]](见[[家庭诊疗/输血|输血]])，而且尽管进行了骨髓移植，癌症仍可复发。