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阴茎鳞状细胞癌应与阴茎[[巨大尖锐湿疣]]鉴别。后者体积常较大，形成菜花状充满于包皮内，有时可穿出包皮或压迫阴茎头引起海绵体[[萎缩]]或破坏，可有[[继发感染]]，形成溃疡，而误认为阴茎鳞状细胞癌。但巨大尖锐湿疣的[[乳头]]隆起较大，[[棘细胞]]层明显增厚，角化不全显著，在上皮的中、表层可见空泡细胞，各层细胞的分化及极向保持良好，[[基底膜]]完整，其下间质内有较多[[淋巴细胞]]浸润等，可与阴茎癌鉴别。但阴茎巨大尖锐湿疣也有可能恶变为鳞状细胞癌。