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随着[[基因组]]测序完成，重建从[[细菌]]到人类的[[有机体]]中的[[生化反应]]网络现已成为可能。一些代谢网络已经上线：京都[[基因]]与基因组百科全书（KEGG）[http://www.genome.ad.jp]，EcoCyc [http://www.ecocyc.org]，BioCyc [http://biocyc.org]与metaTIGER [http://www.bioinformatics.leeds.ac.uk/metatiger/]。 对于学习及代谢建模来说，代谢网络是十分强大的工具。

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