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疾病的分类方法很多，除了世界卫生组织制定的标准以外，中国大陆也各个医疗机构对疾病有各自的分类方法，有些分类是根据部位来分，因此很多疾病没有概括进去没，如[[基因病]]（基因性疾病）、[[遗传病]]（遗传性疾病）、[[性病]]、[[食源性疾病]]（[[食物中毒]]）等。

===第二次国家卫生服务调查疾病分类===

*[[肌肉、骨骼系统和结缔组织疾病]]

*[[损伤]]和[[中毒]]

===根据病原分类===