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因脓肿没有专门的供应血流，[[抗生素]]的应用通常无效。当脓肿被引流以后，可以使用抗生素来预防复发。当脓肿已将感染扩散到其他部位时，亦可应用抗生素。对脓肿中细菌的实验室分离鉴定，可帮助医生选择最有效的抗生素。

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