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心房黏液瘤的预后与黏液瘤本身及黏液瘤手术有关。黏液瘤位于心腔内，轻则引起机械性血流障碍，影响房室瓣功能，多数病情急剧进展，可迅速出现[[心功能不全]]，药物治疗无效。重则随时可有栓子脱落或阻塞房室瓣口，临床出现动脉栓塞征甚至猝死。黏液瘤手术安全性大，完整切除治愈率较高，可收到良好的效果，但也有合并严重术后并发症的可能，如术后并发低心排[[血量]][[综合征]]，或合并严重心律失常等威胁患者生命。即使在手术中由于操作手法过重，也可引起瘤体破碎脱落造成瘤栓。少见黏液瘤切除术后的复发，以及良性黏液瘤发生恶性病变。

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