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[[出生缺陷]]可以发生在[[消化道]]的任何部位：[[食管]]、胃、[[小肠]]、[[大肠]]、[[直肠]]和[[肛门]]。[[畸形]]多为器官的发育不全，导致梗阻。消化道畸形一般需要手术矫正。

[[食管闭锁]]与[[食管瘘]]

手术目的是解除肝内胆管压力。建造一个替代的胆道，引流胆汁到小肠是最佳的手术方法。这种手术一般只有5％～10％的患儿有指征，手术效果好，术后多数患儿能正常生活。其他手术疗效不及上述手术，术后患儿一般不能存活。有一种手术是将肝脏移位，让其表面直接接触小肠，胆汁可从肝脏表面[[渗出]]到肠腔。

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