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近亲婚配的危害主要表现为隐性遗传病纯合子患者的频率增高。以表兄妹婚配为例，他们所生子女是纯合子（aa）有两种原因：①近亲婚配，由共同祖先而来；②是由不同祖先分别而来。在①情况下，F值为1／16，a[[基因频率]]为q，这一途径形成纯合子aa的概率为1/16q，在②情况下，纯合子aa的概率为1(1/16)q2,他们子女中隐性纯合子概率为①＋②即(1/16)p+(15/16)q²=q/16(1+15q)=q/16(p+q+15q)=(pq/16)+q²。而q。而[[随机婚配]]中，所生子女的纯合子的频率为q2,与前者之比为（q2+pq/16］）/q2。由此表明表兄妹婚配的子女隐性纯合子的频率增高pq/16。这种有害效应的大小与[[隐性基因]]频率(q)有关。如表6-5所示，q为0.10时，q2为0.01，表亲婚配后出生隐性纯合子的频率为0.015625，比随机婚配所出生的隐性纯合子频率高0.005625，两者之比为1.56。这表明大约3/5的纯合子来自表亲婚配，2/5的纯合子来自随机婚配。同理，q为0.01是两种不同婚配出生的纯合子之比为7.19，则表明大约7/8的纯合子来自表亲婚配，1/8的纯合子来自随机婚配。当q为0.001时，两者之比为63.5，更明显看出98.5%的纯合子来自表亲婚配，而1.5%的才来自随机婚配。因此，隐性遗传病越是少见，来自近亲婚配的患儿概率就越大。