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本病病程迁延，长达数周，但多可治愈，[[鹦鹉热衣原体肺炎]]重症[[病死率]]高，但近年来应用有效抗生素治疗后，病死率明显下降。有作者经血清学调查发现[[肺炎衣原体感染]]与[[冠状动脉粥样硬化性心脏病]]之间有关联，亦有人发现肺炎衣原体感染可引起[[哮喘]]或[[哮喘性支气管炎]]，值得研究。

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