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这类黄素蛋白有些作为[[烟酰胺]][[核苷酸]]系统和[[细胞色素]]之间的连接物，它们是[[还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸]]（NAD）和还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷[[磷酸]]（NADP）重新氧化的氢[[受体]]。
另一些黄素蛋白，例如在[[三羧酸循环]]中极为重要的[[琥珀酸脱氢酶]]，含有铜作为基本成分的丁[[酰基]][[辅酶A]][[脱氢酶]]，以及所有的酰基辅酶（它们含有铁，它们[[催化]]C－C酰基衍生物脱氢，这是脂肪酸β－C<sub>4</sub>－C<sub>16</sub>酰基衍生物脱氢，这是脂肪酸β－[[氧化作用]]的第一步）是[[中间代谢]]和细胞色素系统之间的连接物。
因此，包括一些酶在内的黄素蛋白在[[电子传递]]键各阶段的[[生物]]氧化反应中是不可缺少的，FAD和FMN都参与。在这些反应中，被脱氢酶释放的氢转变成水并产生能量，这种能以[[ATP]]的形式被贮存起来。
*[[核黄素缺乏病]]
