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中华民国历史上，中央卫生主管机关曾多次调整，计设卫生勤务部、[[卫生部]]（二次）、内政部[[卫生署]]（三次）、内政部卫生司（二次）、行政院卫生署（三次）。
* 1928年4月，[[中华民国内政部|'''国民政府内政部''']]成立'''卫生司'''。11月，升格为'''卫生部'''。
* 1935年4月，卫生部并入[[中华民国内政部|内政部]]，成为'''内政部卫生署'''。
* 2004年7月，医政处更名为医事处（今医事司），中部办公室改组为医院管理委员会（今[[卫生福利部附属医疗及社会福利机构管理会|附属医疗及社会福利机构管理会]]），增设护理及健康照护处（今护理及健康照护司）、国际合作处（今国际合作组）。
* 2010年元旦，食品药物管理局（今[[卫生福利部食品药物管理署|食品药物管理署]]）成立后，原食品卫生处、药政处改编入该局下的医疗器材及化粧品组、药品及新兴生技药品组。
* 2013年5月31日，依照[[政府组织再造]]规划，[[立法院]]三读通过《卫生福利部组织法》和相关组织法，并于同年6月19日公告施行。7月23日，正式改组升格为'''卫生福利部'''[http://www.cna.com.tw/News/aHEL/201307210129-1.aspx 卫生福利部 23日挂牌]，由原行政院卫生署整并原内政部主管之社福业务单位与原教育部国立中国医药研究所组成，为中华民国政府迁台后第二个新组成的部。12月30日，位于[[台北车站]]3楼的统计处、全民健康保险会、全民健康保险争议审议会、护理及健康照护司以及位于本部3楼的社会保险司先行搬迁至[[台北捷运]][[南港机厂]]旁的卫生福利大楼。
*2014年6月3日，卫生福利部位于塔城街办公区、大坪林办公区、双城街办公区的部本部机关（除护健司、医管会及卫福人训中心另于[[台湾中部]]设有办公区或本部）均搬迁至新建启用的卫生福利大楼。
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File:Emblem of Department of Health ROC (Taiwan).svg|原行政院卫生署署徽
File:Department of Health, Executive Yuan, ROC.jpg|2014年前，卫生福利部旧址（位于台北市塔城街）
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== 历任首长 ==
!width=18%|备注
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!colspan="12" style="background: #ccf;"|'''内政部卫生司 司长'''<small>（第1次）</small>
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|未到任
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|副署长[[王祖祥]]
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!colspan="12" style="background: #ccf;"|'''内政部卫生司 司长'''<small>（第2次）</small>
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!colspan="12" style="background: #ccf;"|'''卫生福利部 部长'''<small>（第4次）</small>
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