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磷酸吡哆醛在所有转氨基作用反应以及一些[[氨基酸]]的脱羧与[[脱氨]]反应中充当辅酶的角色。磷酸吡哆醛的醛基与[[氨基转移酶]]中特定[[赖氨酸]]基团的ε-氨基之间形成希夫碱键（内部醛[[亚胺]]）。氨基酸[[底物]]中的α-氨基置换[[活性位点]]赖氨酸[[残基]]的ε-氨基。生成的外部醛亚胺变得去质子化而形成一个醌型中间体，后者转而在不同的位置上接受一个质子以形成一个酮亚胺。酮亚胺水解，使[[复合酶]]的氨基得到再生Toney, M. D. "Reaction specificity in pyridoxal enzymes." Archives of biochemistry and biophysics (2005) 433: 279-287.。
除此之外，磷酸吡哆醛也是某些以不常见的糖（如[[过氧]][[糖胺]]、脱氧糖胺<ref name="samuel">Samuel、脱氧糖胺Samuel, G. and Reeves, P. "Biosynthesis of O-antigens: genes and pathways involved in nucleotide sugar precusor synthesis and O-antigen assembly." Carbohydrate research (2003) 338:2503-2519.）作为底物的[[转氨酶]]所需的[[辅因子]]。在这些反应中，磷酸吡哆醛与[[谷氨酸]]起反应，谷氨酸的α-氨基转移到磷酸吡哆醛上，生成[[磷酸]]吡哆胺（PMP）。磷酸吡哆胺接着转移它的氮到糖上，形成一个氨基糖。
磷酸吡哆醛参与的[[生化]]过程还有：
* β-消除反应，如[[丝氨酸脱水酶]]与[[ColD|GDP-4-酮-6-脱氧甘露糖-3-脱水酶（ColD）]]参与完成的反应<ref name="samuel"/>
* [[血红素]]合成中的缩合反应
* [[多巴]] → [[多巴胺]]
