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肛瘘可引起疼痛或排泌脓液。检查时可发现一个或多个瘘管的开口，或在[[皮肤粘膜]]表层下面触到瘘管。插入一根[[探针]]检查可确定瘘管的深度和方向。通过[[肛门镜]]，用探针检查可了解瘘管内口的位置。用[[乙状结肠镜检查]]可确定此瘘管是否由癌肿、克罗恩病或其他[[疾病]]所致。