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中药材DNA条形码分子鉴定通常是以[[核糖体]][[DNA]]第二内部[[转录]]间隔区（ITS2）注1为主体条形码序列[[鉴定]][[中药]]材的[[方法]]体系，其中植物[[类中]][[药材]]选用ITS2/ITS为主体序列，以[[叶绿体]]psbA-trnH注2为辅助序列，动物类中药材采用[[细胞色素C氧化酶]]亚基i （COI）注3为主体序列，ITS2为辅助序列。

注：

1. ITS2:ITS（internal transcribed spacer of

nuclear ribosomal DNA）为内部转录间隔区，是核糖体RNA（rRNA）[[基因]]非转录区的一部分。ITS位于18S rRNA基因和28S rRNA基因之间，中部被5.8S rRNA基因一分为二，即ITS1（thefirst internal

transcribed spacer）区和ITS2（the second internal

transcribed spacer）区。5.8S、18S和28S[[进化]]速率较慢，常用于探讨科级和科级以上等级的[[系统]][[发育]]问题。而间隔区ITS（包括ITS1和ITS2）进化速率较快，一般用于研究属间、种间甚至居群间等较低[[分类]]等级的系统关系。

2．psbA-trnH：psbA-trnH基因间区是位于叶绿体基因psbA基因和trnH基因之间的一段非[[编码]]区，该间区进化速率较快，常用于植物属间、种间的系统发育研究。

3．COI:COI为[[线粒体基因组]]的[[蛋白质]]编码基因，全称为细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ （cytochrome C oxidase subunit I），由于该基因进化速率较快，常用于[[分析]]亲缘关系密切的种、[[亚种]]及地理[[种群]]之间的系统关系。

[[DNA条形码分子鉴定]]法是利用基因组中一段公认的、相对较短的DNA序列来进行[[物种]]鉴定的一种[[分子生物学]]技术，是[[传统]][[形态]]鉴别方法的有效补充。由于不同物种的DNA序列是由[[腺嘌呤]]（A）、[[鸟嘌呤]]（G）、[[胞嘧啶]]（C）、[[胸腺嘧啶]]（T）四种[[碱基]]以不同顺序排列组成，因此对某一特定DNA片段序列进行分析即能够区分不同物种。