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1804年已修读神学两年的马礼逊年22岁，加入英国海外传教组织伦敦传道会（London Missionary Society，简称伦敦会），并被派往中国传教。他在书上写到：“求上帝将我置于困难最多和从人类眼光中看来最难成功之布道区域中”。这一申请被接受后，伦敦会还聘请旅居英国的中国人杨三德教授马礼逊中文。他又学习一些天文及医学知识，期望与[[利玛窦]]采取一样方式，以传授西方科技的人材进入中国。因为他深知当时清朝并没有开放，不具有传教的自由。为了进入中国要有其他的切入点，而医学和天文是当时西方较先进的方向，因此他希望接着这个做为交流的媒介以顺利进入中国。

1807年9月7日，马礼逊进入广州，因为不能够合法地进入中国内地，所以滞留在广州的十三洋行，在美国驻广州领事馆一位领事的庇护下隐居。1年间隐居在广州和澳门苦学中文。1809年他与英军医官莫敦的女儿结婚，同年被东印度公司聘为高级译员。从此马礼逊有了一个公开的身份，往来于广州与澳门。马礼逊秘密学习中文，以了解中国文化的情形，以预备向中国人传播福音。开始时遇到许多艰难，但后来他的中文学得相当好。