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肿瘤放疗科是安徽省临床医学重点扶持学科。拥有进口的西门子公司KDS-ⅡMevatrOn型号和Primus-M型号的两台电子直线加速器，FM-LV数字化模拟定位机=KL-HDR[[高剂量率]]近距离遥控后装机、ARTS-3D正向三维适形[[放射治疗]]系统及PeacockCorvus5.0逆向调强放射治疗系统等，引进美国NOMOS公司逆向调强放射治疗设备，成为目前全国为数不多、省内唯一能开展调强适形放射治疗技术。该科自行设计的放射信息管理系统可对肿瘤患者的治疗和病例随访资料进行全面的网络化管理，居全国科室网络化管理的领先地位，并已向省各大医院推广使用。

2004年医院以整体护理为指导，以护理程序为内涵，全面提高护理人员的综合素质，强化人性化服务，珍视和关注病人的生存意识。通过开展巾帼文明示范岗的活动，在规范服务、优质服务等方面取得了良好的效果；有计划实施护理继续教育计划，开展医学新技术、新知识讲座，拓宽护理人员的知识面，提高护理人员的基本素质和综合能力。2004年底，护理部坚持“以病人为中心”的服务理念，在全院开展“818名护士，818个窗口”活动，让细致的服务、入微的关怀、亲切的交流如同涓涓的细流温馨地流入病人的心田，受到病人及家属的信任和赞扬，得到同行的推崇和肯定。

检验科是安徽省最大的医学检验中心，拥有先进的医学检测设备，日完成各种检查样本3000多份。

普外科是安徽省临床医学重点学科，博士生联合培养点，高级技术职称29人，拥有4个病区。该科有着近30年胰十二指[[肠镜]]和胆道镜的[[临床经验]]。内镜下[[胰管]][[胆管]]内支架置放术治疗不能切除的胰胆管[[恶性肿瘤]]、Oddis[[括约肌]][[球囊]]扩张及切开取石术、胆道镜下取石术治疗胆道结石等居国内先进水平。[[腹腔镜]]下[[胃癌]]、[[结肠癌根治术]]等省内领先项目。该科先后多项成果获省科技进步一、二、三等奖，有多人获国家及省内有突出贡献中青年专家荣誉称号。院长许戈良教授为全国人大代表，博士生导师。

血液科系安徽省临床重点学科，山东大学临床医学专业学位博士生培养点，安徽医科大学硕士研究生培养点，安徽省[[脐血干细胞移植]]血友病管理中心。该科开展[[急性白血病M]]ICMb分型，微小残留病变检测，干细胞培养，脐血干细胞移植术已跻身国内先进行列。该科先后承担“八五”、“九五”、“十五”科技攻关课题，省[[自然科学]]基金课题7项，获省科学技术二等奖2项，三等奖4项，四等奖1项，多篇论文被SCI收录。有多人次分别担任国家级学会委员，省级学会主委、副主委、常委及专业杂志编委、副主委等职务。

神经外科是安徽省临床医学重点学科，硕士学位授予学科。该科先后承担了省“七五”、“八五”攻关项目，自“九五”以来，承担了安徽省“十五”科技攻关1项，安徽省自然科学基金项目3项，安徽省优秀青年科技基金项目2项，安徽省科学事业项目1项，安徽省卫生厅课题2项。该学科在国内外发表专业论著200余篇，主编《立体定向和[[功能性神经外科]]学》、《立体定向和功能性神经外科杂志》已在国内外发行15年。该科历来重视对外合作与交流，与法国、瑞典、美国和日本等世界上主要的立体定向和功能神经外科中心保持着广泛的合作和联系。是国家卫生部确定的立体定向技术培训基地和国家级医学继续教育基地，已经连续举办16届全国立体定向技术培训班，培养的医师分布在全国各地。

心血管内科是安徽省重点学科，现有博士2名，硕士10名，拥有国内先进的医疗设备和开放式心导管室。开展[[心脏]]电[[生理]]检查、[[人工心脏]]起搏器[[植入]]术、[[射频消融术]]、埋藏式心律转复[[除颤器]][[移植术]]、[[先天性心脏病]]介入术、[[心血管造影术]]、经皮腔内冠状动脉造影术、经皮腔内冠状动脉成形及支架植入术、经皮[[肾动脉]]腔内成形及支架植入术，其中生理性心脏起搏技术、射频消融治疗复杂心律失常、[[冠心病]][[介入治疗]]等居国内先进、省内领先水平。发表论文及著作近200篇，并多次荣获省科技进步成果等各级科技项目。

心脏外科是安徽省重点学科，硕士研究生培养点。该科开展多项[[心血管疾病]]的手术治疗，其中非[[体外循环]]下搭桥术损伤小、恢复快、费用低，尤其适合于合并其他疾病、高龄体弱的患者；在省内首家应用[[主动脉球]]囊反搏泵治疗急性严重心衰者，挽救了一批危重病人。该科至今已开展各类心脏手术近3000多例，成功率达到国内先进水平。

口腔科是安徽省医学重点学科，为安徽省[[口腔医学]]会暨安徽省[[口腔]]颔面[[外科]]专业委员会的牵头挂靠单位和中华口腔医学会常务理事单位。全科教授、[[主任医师]]6人，副教授、[[副主任医师]]10人。该科承担多项省科技厅和卫生厅课题，近两年中获省科学技术三等奖3项；与美国波士顿大学周来生教授合作组建了具有国际前沿水平的干细胞/[[组织工程学]]研究室。

妇产科是安徽省医学重点学科，设有91张病床，分有[[产科]]、普通妇科、微创妇科、[[肿瘤妇科]]、辅助生殖中心及安徽省[[分子]]医学重点实验室等。该科开展妇科[[肿瘤]]、[[子宫内膜异位症]]、[[高危妊娠]]、腹腔镜和宫腔镜的诊治水平处于省内领先，并在国内率先开展了腹腔镜下[[乙状结肠]]代[[阴道成形术]]和广泛性全子宫切除、[[盆腔]]淋巴清扫术，开展[[子宫]]子瘤的射频消融、介入治疗，[[宫腔镜检查]]及[[子宫内膜]]切除等多种“微创路径手术”新技术。诞生了省内首例自然周期[[试管婴儿]]、单[[精子]]胞浆内注射试管婴儿。该科承担国家级技术研究发展计划（863计划）课题、国家自然基金课题、安徽省自然科学基金课题以及安徽省卫生厅资助课题等多项科研任务。

检验科是安徽省医学重点学科，硕士生培养点，是省内检验专业唯一的重点学科。该科设有[[生化]]室、[[免疫]]室、微生物室等9个实验室；拥有全自动五分类[[血细胞分析]]仪、全自动尿沉渣分析仪、全自动[[生化分析仪]]、全自动[[血凝仪]]和全自动微生物分析仪等一批国际先进设备。该科按照国际统一标准制定全程质量保证体系，实现操作程序标准化。对科室所有开展的试验都按时进行室内质量控制，室间质评成绩处于全国优秀水平。该科支持省“十五”攻关项目和省卫生厅课题各1项，参与省自然基金等项目3项，主编和参编了《革兰阴性[[杆菌]]鉴定编码手册》、《医用法定计量单位》和《临床检验与[[输血]]》等著作。

麻醉科是安徽省重点学科，硕士生培养点。该学科整体技术接近国内先进水平，重大技术项目和设备条件达到国内先进水平，专科技术在危重疑难病人手术麻醉、麻醉生理研究和[[多器官功能衰竭]]防治等方面在省内有明显优势。开展《胆系手术麻醉期间胆心[[反射]]判定标准和防治措施》、《[[氨茶碱]]与全麻催眠》、《硬膜外阻滞复合[[气管]]内浅全麻临床应用》、《麻醉期间[[食管]]下段括约肌压力检测》、《[[多器官功能障碍综合征]]的防治》、《麻醉期间计算机辅助管理》等多项国内领先和先进的技术。该科获省、部级科技进步奖9项，部级一等奖1项，获安徽省科技攻关项目及自然科学基金资助研究课题多项，出版专著6部。

风湿科是安徽省临床医学重点扶持学科，硕士生培养点，是安徽省最早的[[风湿病]]专科。该科跟踪先进治疗方案，采用药物、[[血浆]]置换、[[中西医]]结合等联合治疗，使临床缓解率及康复情况达到国内最好水平。该科先后承担省自然科学基金3项，其他课题6项，荣获省科技进步奖2项，发表有价值研究论文50多篇，参与编写专业书籍8部，承担多项卫生部及国家药品监督管理局药品临床验证工作。

五官科是安徽省首批临床特色专业、第二周期省级重点扶持学科及院重点学科，硕士生培养点，安徽省听力康复研究中心。该科拥有一流的耳功能检测室，内镜、[[激光]]、耳显微治疗室、阻塞性[[睡眠呼吸暂停综合症]]治疗室和听力康复研究中心。阻塞性睡眠呼吸暂停综合症的综合治疗、喉功能性保全性[[喉癌]]、下咽[[癌]]手术、微侵袭颅底手术，喉激光微侵袭手术，嗓音[[显微外科]]和耳显微听力重建手术为省内领先、国内先进水平。近5年获省部级奖2项、承担科研课题10多项，发表论文60多篇。

安徽急救医学中心创立于2004年底，是以急救医学、危重医学为主的医疗、教学、科研中心，也是安徽省急危重医学的教育基地。该中心设置急诊内外科病床82张，观察病床14张，[[儿科]]日间病床26张，ICU病床24张。中心提倡“星级服务”、“一站式”医疗，实行全员聘任制，企业化管理，标准化建制，发展定位是打造华东一流的急救医学中心。

医院整体实力处于省内领先水平。目前我院[[脑外科]]开展的脑立体定向技术综合研究及颅脑导航手术在全国属领先地位，医院是卫生部全国立体定向技术培训基地。[[心内科]]在省内率先开展各种[[心血管]]病介入治疗，年介入治疗数省内领先。[[心外科]]已成功进行3例[[心脏移植]]手术，标着志医院心脏移植技术已进入国内先进行列。血液科开展各种[[造血干细胞]]移植工作，脐血移植治疗[[急性白血病]]达国内领先水平。普外科在省内率先开展活体[[肝移植]]，在省内最先开展射频消融治疗肝癌并达到国内先进水平，在国内率先提出并开展精细[[肝脏]]外科治疗肝癌，在国内首次提出非接触分离技术，并地运用于临床治疗肝癌，普外科胆道内窥镜技术开展早、有创新，ERCP在省内处于领先水平，腹腔镜技术已经达到国内领先水平，是安徽省腔镜学组主任委员单位。同时，各种微创介入技术在[[眼科]]、[[骨科]]、妇产科、[[耳鼻咽喉科]]、[[消化内科]]及[[呼吸内科]]广泛开展起来。妇产科的[[辅助生殖技术]]省内领先。

坚持科教兴院，近20年来医院获省部级科技成果奖124项，主持国家自然科学基金十余项，省自然科学基金、省科技攻关项目数十项，开展三新项目1787项，发表论文5194篇，出版专著30余部。目前医院拥有《立体定向和功能性神经外科》、《中国临床保健杂志》、《临床输血与检验》、《临床医学研究》和《实用防盲技术杂志》等专业杂志。医院不断加强对外合作和交流，2008年先后有69人次赴美、英、日、法、德、加拿大、新加坡等国家进行学术交流和医学考察。组派援助也门共和国医疗队140多人次。