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化脓性眼内炎的致病菌主要为细菌和真菌，以细菌更为常见以往眼内炎以[[毒力]]较强的致病菌如[[金黄色葡萄球菌]][[溶血性]]链球菌和[[铜绿]][[假单胞菌]]多见。近半个世纪以来由于[[抗生素]]、[[激素]]和[[免疫抑制药]]的广泛使用人工晶状体植入术的普及以及[[实验室检查]]技术的提高眼内炎致病菌的种类变得繁多，常见致病菌也有了变化一些[[条件致病菌]]如表皮[[葡萄球菌]]白色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌等逐渐占据显著地位，[[真菌感染]]也日益增多。根据上海复旦大学附属眼耳鼻喉科医院统计，眼内炎玻璃体[[标本]]共207份(眼)，[[细菌培养]]阳性的81份(阳性率39.1%)，菌种依次为[[表皮葡萄球菌]]18眼(占22%)、真菌(主要是曲菌和[[白色念珠菌]])12眼(15%)、[[链球菌]]12眼(15%)、白色葡萄球菌11眼(14%)、蜡样芽孢杆菌10眼(12%)、金黄色葡萄球菌5眼(6%)和铜绿假单胞菌3眼(4%)其中表皮葡萄球菌、真菌、白色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌等是常见的致病菌。

根据致病菌侵入眼内组织的途径不同分为外源性和内源性两类。

在没有无菌滤过膜时，可将玻璃体切除标本直接接种于血[[培养瓶]]中，其阳性率与滤过膜过滤后所得的阳性率相似。但血培养瓶在分离[[流感嗜血杆菌]]和痤疮[[短棒菌苗]]方面的敏感性较低此外在血培养瓶发现病原体后对其进行鉴定和确定其对药物敏感性尚需进一步的实验。