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偷蛋龙科的内部分类仍有争议。许多早期研究将偷蛋龙下目分成两群：近颌龙科、偷蛋龙科。再将偷蛋龙科分成：雌驼龙亚科、偷蛋龙亚科。雌驼龙亚科的体型较小、前肢较短、缺乏头冠；偷蛋龙亚科的体型较大、前肢较长、具有头冠。由于雌驼龙的属名已有某种无脊椎动物优先使用，必须重新命名。近年[[种系发生学]]研究提出不同结果，许多近颌龙科的物种，其实[[亲缘关系]]较接近于有头冠的偷蛋龙科。