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笔者还要再强调一点，在注重这两类研究手段的同时，不应该忽略系统生物学的另一个特点——对理论的依赖和建立模型的需求。在本文一开始介绍系统生物学的概况时，特别指出过，系统生物学的理想就是要得到一个尽可能接近真正生物系统的理论模型；建模过程贯穿在系统生物学研究的每一个阶段。离开了数学和计算机科学，就不会有系统生物学。也许正是基于这一考虑，科学家把系统生物学分为“湿”的实验部分（实验室内的研究）和“干”的实验部分（计算机模拟和理论分析）。“湿”、“干”实验的完美整合才是真正的系统生物学。1999 年初系统生物科学与工程网 (genbrain biosystem network) 表述生物系统的研究方法为基于系统论的实验、计算机与工程等方法，随着化学生物学、计算生物学、合成生物学的发展，高通量生物芯片、计算机数学建模和基因人工合成等构成了系统生物学的技术基础。
从某种意义上说，系统生物学在中国有很好的基础。1990 年代[[中西医]]学与哲学、系统学探讨中，已经提出了系统医学 (Zeng BJ, 1992) 等概念。我们的[[传统医学]]就是把人体视为一个系统，通过测定和改变系统的输入和输出来调节系统的状态。[[传统科学]]的缺点在于，它只能进行“黑箱操作”，不能解释系统的内部组成成分和动力学过程。而系统生物学则把生物系统化为“白箱”，不仅要了解系统的结构和功能，而且还要揭示出系统内部各组成成分的相互作用和运行规律。
附、补充说明:
[*《转基因动物通讯》1994 年 06 月、11 月，1995 年 03 月、11月，1996 年 08~10 月等 - 来自 1994 年 05 月曾(杰)邦哲 (Zeng BJ) “结构论-泛进化论”（又称[[自组织系统]]结构理论）]- 总称为系统生物科学 (1999 年创建的系统生物科学与工程网 genbrain biosystem network 等，所用词汇有: biosystem analytics, artificial biosystem; system bioscience, system bio-engineering, system biotechnology; biosystem science, biosystem engineering, biosystem medicine, biosystem technology, 等)。
==系统生物学的发展==
实验方法与系统方法构成科学研究的基本方法。系统科学（包括控制论、信息论）根源于生命科学，发展了计算机科学而又应用于生物科学，将开发出生物计算机。维纳与香农从动物与通讯行为的研究中提出控制论与信息论，整个系统科学根植于有机体哲学思维。系统生物学，最初开创于贝塔郎菲的一般系统理论与理论生物学，艾根的超循环理论发展了细胞、生物化学与[[分子层]]次的系统论。20 世纪 70 年代国际召开了“系统论与生物学” (systems theory and biology) 会议，80 年代召开了生物化学系统论、生物系统的计算机模型等探讨的国际会议 (第 11 届国际分子系统生物学会议 2009 年 06 月于中科院上海召开)。系统生物学的概念在 20 世纪中叶已经提出，还合成生物学的概念提出于[[基因重组]]技术的产生，进化理论、有机分子合成可以说是最早的探索。
系统生物学的发展经历了三个历史时期：第一期，生态系统，系统生态学与行为、心理学，开始于 20 世纪 60~70 年代；第二期，[[生理]]系统，系统生理学与[[神经]]、[[内分泌]]、[[免疫学]]，开始于 20 世纪 70~80 年代；第三期，[[遗传系统]]，系统遗传学与[[胚胎]]、发育生物学，系统遗传学的概念与词汇于 20 世纪 90 年代中科院曾邦哲（曾杰）发表，并于 1996 年主办第 1 届国际转基因动物学术研讨会（秘书长）与 1999 年在德国建立系统生物科学与工程网，论述了系统论与生物工程、[[输卵管]][[生物反应器]]及基因组进化与生物体发育自组织系统理论，遗传学从[[染色体]]行为的[[细胞遗传学]]、基因表达信息流的[[分子遗传学]]，发展到了系统遗传学的细胞发生信号[[传导]]与基因调控网络研究。2008 年 03 月美国加州举办了整合与系统遗传学会议，2009 年 10 月荷兰召开了系统遗传学研讨会。
[[分类:生物学]]
