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第二炮兵总医院于1956年3月16日正式收治病人。是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、[[康复]]为一体的现代化综合性三级甲等医院。现任院长是祝清华。

医院现为第一、二、三、四军医大学临床教学医院，武汉大学医学部研究生[[培养基]]地。第二炮兵军事医学研究所设在该院，包括推进剂医学科、[[放射医学]]科和中心实验室。[[烧伤整形科]]为第二炮兵[[烧伤]]研究治疗中心；[[肛肠科]]为全军肛[[肠病]]专病中心，第二炮兵肛肠研究治疗中心。

全院职工758人，床位700余张。医院现有享受政府特殊津贴、国家级有突出贡献的中青年专家100多人；享有军内特殊津贴的专家8人；硕士生导师6人；硕士、博士、博士后130余人。医疗设备总值上亿元。医院设有40 余个临床、医技科室，其中烧伤整形科为第二炮兵烧伤研究治疗中心，是北京市指定的四家治疗大面积烧伤的[[定点医院]]之一，对烧伤、[[烫伤]]、[[电击伤]]、[[化学烧伤]]及烫伤后[[畸形]]、先天性畸形的治疗与研究形成了整套科学规范的治疗方法和完善的治疗措施。肛肠科在诊治肛肠[[常见病]]以及[[大肠]]良性、[[恶性肿瘤]]等疑难、危重[[病症]]方面有独到的方法。目前开展的微创微痛手术治疗[[肛肠外科]]常见[[疾病]]，[[中西医]]结合治疗顽固性[[便秘]]与[[炎症]]性肠病，综合[[疗法]]治疗大肠肿瘤等新技术赢得患者广泛好评。曾为许多中央首长治疗过此类疾病。[[泌尿外科]]腔内镜治疗各种泌尿系疾病，具有[[创伤]]小、[[并发症]]少、治愈率高等优点。中西医结合治疗[[男性不育症]]、各种[[性功能]]障碍有独到之处。[[骨科]]擅长头颈[[腰椎间盘切除术]]及各种[[关节]]疾病的关节置换、修复重建术和[[慢性骨髓炎]]以及[[外伤]]所致的骨不连、骨缺损的诊治。近期开展的[[关节镜]]下诊治术、[[肢体延长术]]及枕颈畸形的矫形减压稳定手术疗效显著，利用自体异体骨进行大段骨缺损[[移植]]效果显著。[[普通外科]]周丁华主任开展的无张力[[疝修补术]]为许多患者及传统术式失败的病人解除了痛苦。[[耳鼻喉科]]开展的咽喉部[[肿瘤]][[切除术]]、咽喉部分切除、全切后发音重建术、[[支撑喉镜]]下各种肿物切除术、各种喉[[显微外科]]手术效果显著。[[血液]][[肿瘤科]]开展的血液病诊治和肿瘤治疗方法疗效显著。[[消化科]]诊治[[消化系统]]常见病、[[多发病]]及疑难病方法独特。[[神经内科]]在臆瘫、[[截瘫]]、[[偏瘫]]、[[单瘫]]和[[老年痴呆]]的诊断及治疗上有独到之处。[[儿科]]在儿童脑瘫的诊断与治疗方面有独到的方法，尤其对儿童脑瘫的早期干预效果明显。

[[肾病]]中心开展的[[肾移植]]手术，[[普外科]]开展的[[肝移植]]手术成功率达到了100%。 [[神经外科]][[显微镜]]下治疗[[脑肿瘤]]、[[动脉瘤]]；骨科的断指肢再植技术已处于国内、军内领先水平。