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当Hox基因下游调控的基因改变时，会使个体产生[[变异]]，例如[[果蝇]]的平衡杆（halteres）与蝴蝶后翅的差别，就是源于两者的Ubx基因受到的不同调控而产生。在[[演化]]的过程中，[[蜻蜓]]的Ubx下游[[基因调控]]阶层（regulatory hierachy）与原始祖先较为相似，而[[鳞翅目]]（如蝴蝶）与[[双翅目]]（如果蝇），则改变了一些对下游基因的调控方式。蜻蜓、蝴蝶与果蝇的调控阶层比较如下表，红色字表示受到[[活化]]的基因，灰色字表示此类昆虫并不活化此基因：
{| class="wikitable" |<div style="text-align: center;">'''昆虫种类'''</div> |<div style="text-align: center;">'''上游Hox基因'''</div> |<div style="text-align: center;">'''调控阶层'''</div> |-
|蜻蜓（[[蜻蛉目]]）
|<div style="text-align: center;">''Ubx''</div> |<span style="color: gray;">a1 → a2 → a3</span><span style="color: gray;">b1 → b2 → b3</span><span style="color: red;">c1 → c2 → c3</span><span style="color: gray;">d1 → d2 → d3</span> |- |蝴蝶（鳞翅目） |<div style="text-align: center;">''Ubx''</div> |<span style="color: gray;">a1 → a2</span><span style="color: red;"> → a3</span><span style="color: gray;">b1</span><span style="color: red;"> → b2 → b3</span><span style="color: gray;">c1 → c2</span><span style="color: red;"> → c3</span><span style="color: red;">e1 → e2 → e3</span> |- |果蝇（双翅目） |<div style="text-align: center;">''Ubx''</div> |<span style="color: red;">a1 → a2 → a3</span><span style="color: red;">b1 → b2 → b3</span><span style="color: red;">c2 → c3</span><span style="color: gray;"> → c4</span><span style="color: red;">d1 → d2 → d3</span>
|}
两群基因一开始的研究成果，皆是由观察它们对成虫的影响而得。较晚的研究则发现，对果蝇的幼虫（蛆）来说，BX-C影响了T3到A8部分的发育（果蝇分节：头、T1~T3、A1~A8、[[性器]]），其中主要的影响位置是T3到A1。ANT-C则是影响[[头|头部]]以及T1到T2部分。
{| class="wikitable" |<div style="text-align: center;">'''群集名称'''</div> |<div style="text-align: center;">'''位置'''</div> |<div style="text-align: center;">'''基因'''（'''名称意义'''）</div> |<div style="text-align: center;">'''影响位置'''</div> |- |ANT-C |靠近3'端
|''lab''（labial；唇）''pb''（proboscipedia；口器足）''Dfd''（Deformed；[[畸形]]）''Scr''（Sex combs reduced；性梳减少）''Antp''（Antennapedia；触足）
|身体前部 |- |BX-C |靠近5'端 |''Ubx''（Ultrabithorax）''AbdA''（Abdominal A）''AbdB''（Abdominal B） |身体后部 |-
|}
其中HOXD13的突变会造成[[多指症]]（synpolydactyly）；而HOXA13的突变则会导致手脚[[生殖器]]症（hand-foot-genital syndrome，HGFS）。另外HOXB群集中的8个成员会影响[[红血球]]的发育，其中HOXB4与HOXB7又会影响[[T细胞]]与[[B细胞]]。
{| class="wikitable" |<div style="text-align: center;">'''位置'''</div> |<div style="text-align: center;">'''基因群集'''</div> |<div style="text-align: center;">'''影响头部'''</div> |<div style="text-align: center;">'''影响[[颈部]]'''</div> |<div style="text-align: center;">'''影响躯干'''</div> |<div style="text-align: center;">'''影响[[四肢]]'''</div> |- |[[7号染色体 (人类)|7号染色体]]''7p15 ~ p14'' |HOXA
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|- |[[17号染色体 (人类)|17号染色体]]17q21 ~ q22 |HOXB
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|- |[[12号染色体 (人类)|12号染色体]]12q12 ~ q13 |HOXC
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|- |[[2号染色体 (人类)|2号染色体]]2q31 ~ q32 |HOXD |
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第3平行同源家族，也就是Hoxa-3、Hoxb-3与Hoxd-3基因，主要作用是产生颈部的[[脊椎骨]]。另外Hoxa-11或是Hoxd-11其中一的基因发生突变时，会使[[桡骨]]（radius）或[[尺骨]]（ulna）产生轻微缺陷。若是两个基因同时突变，则会使两块[[骨头]]皆[[退化]]。
{| class="wikitable" |<div style="text-align: center;">'''位置'''</div> |<div style="text-align: center;">'''基因群集'''</div> |colspan=4|<div style="text-align: center;">'''基因'''</div> |- |[[6号染色体 (老鼠)|6号染色体]] |Hoxa |Hoxa-1Hoxa-2Hoxa-3Hoxa-4 |Hoxa-5Hoxa-6 |Hoxa-7 |Hoxa-9Hoxa-10Hoxa-11Hoxa-13 |- |[[11号染色体 (老鼠)|11号染色体]] |Hoxb |Hoxb-1Hoxb-2Hoxb-3Hoxb-4 |Hoxb-5Hoxb-6 |Hoxb-7Hoxb-8 |Hoxb-9 |- |[[15号染色体 (老鼠)|15号染色体]] |Hoxc |Hoxc-4 |Hoxc-5Hoxc-6 |Hoxc-8 |Hoxc-9Hoxc-10Hoxc-11Hoxc-12Hoxc-13 |- |[[2号染色体 (老鼠)|2号染色体]] |Hoxd
|Hoxd-1Hoxd-3Hoxd-4
| |Hoxd-8 |Hoxd-9Hoxd-10Hoxd-11Hoxd-12Hoxd-13
|}
*[http://pharyngula.org/index/weblog/comments/a_brief_overview_of_hox_genes/ A brief overview of Hox genes]
