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角膜深层遗传性营养不良合并角膜异常，只有到出现实质水肿时才进行治疗。轻者早期应用0.5%[[氯化钠]]滴眼水或眼膏，局部的实质水肿能被改善。一旦疾病发展到只能看到少量基质和上皮出现水肿，则需行穿通性角膜移植。

[[激光]]小梁成形术很少有效。如果使用，[[小心]]由于膜的增生跨越房角加速房角关闭。应用最大[[剂量]][[药物]]治疗，眼压仍不能[[控制]]，则需进行滤过手术。与其他类型慢性青光眼[[比较]]，手术成功率低。

[[后部多形性营养不良]]（posterior polymorphous dystrophy，[[PPD]]）代表一组具有临床和[[组织]]病理差异的系列疾病，其中一种形式与[[ICE综合征]]类似。既往对本病提出过不同名称，如[[内部大泡性角膜炎]]、[[后部角膜疱疹]]、[[遗传性深部角膜营养不良]]和[[遗传性中胚叶营养不良]]，现代普遍接纳PPD这一名称。Silberman首先提到PPD与[[青光眼]]的联系，而Grayson和Gibis等详细论述了PPD的各种临床表现。

角膜深层遗传性营养不良常与角膜后[[营养不良]]的其他类型易相混淆，例如Fuch内皮营养不良、先天性遗传[[角膜营养不良]]和后无定型的角膜营养不良。后者通过灰白[[扩散]]的后基质的片状混浊，偶尔虹膜伸延到360°Schwalbe线以及各种虹膜异常，但是无青光眼。当角膜虹膜粘连出现，需同时考虑[[Axenfeld-Rieger综合征]]和ICE综合征，前二者中有许多较细的虹膜丝附于突出的Schwalbe环上。PPMD往往与先天性青光眼角膜后Haab’s线相混。尽管后者可以通过边缘的薄区域与之鉴别。内皮细胞显微结构在鉴别PPMD和其他有前角膜异常的疾病方面是有价值的。

角膜深层遗传性营养不良的预后因手术成功率低而不良。

胶原、氯化钠、肾上腺素