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医院编制床位418张，现开放353张，在编职工445人，高级职称人员73人（其中在编博士生导师2人，硕士生导师17人）。开设十个病区，设有9个临床教研室,5个临床硕士授予点（[[中西医]]结合临床、[[中医内科]]学、[[中医骨伤科学]]、中医[[五官科]]学、[[中医儿科学]]），2个国家中医药二级科研等级实验室（心脑、脾胃病实验室）、1个[[器官移植]]实验室。

医院设有[[内科]]、[[外科]]、[[妇产科]]、[[儿科]]、[[急诊科]]、[[骨伤科]]、[[皮肤科]]、[[肛肠科]]、[[口腔科]]、[[眼科]]、[[耳鼻喉科]]、[[泌尿外科]]、[[肿瘤科]]、[[康复中心]](含[[神经]]康复科、[[综合康复科]]、[[针灸科]]、[[推拿科]]、理学治疗室)、[[血液]]净化器官[[移植]]中心(含我省最大的血液净化中心、器官移植病房)、健康[[体检中心]]（在我省环境最好，环境最优）、[[麻醉科]]共19个临床一级科室，下设[[心血管科]]、[[呼吸]]科、[[脑血管]]科、脾胃科、[[肾内科]]、[[风湿免疫]]科、[[内分泌科]]、[[老年病科]]、[[肝胆科]]、[[乳腺]]病科、[[医学美]]容科、男性科及[[高血压病]]、[[糖尿病]]、[[中风]][[后遗症]]、[[风湿病]]、[[更年期综合征]]、[[不孕症]]、小儿[[多动症]]、小儿[[生长发育]]迟缓、[[前列腺病]]、[[脱发]]等20多个专病专科。配备有影像中心、[[检验科]]、[[功能科]]、[[病理科]]等辅助科室。拥有日本东芝螺旋CT、全自动[[生化]]仪、智能型高频乳腺X光机、美国QDR4500W双能X线骨密度仪、TCD、[[彩色多普勒超声]]诊断仪、多参数[[心电监护]]仪、24小时[[动态心电图]]仪、动态血压仪、日本奥林巴斯电子[[胃镜]]、[[纤维]]结肠镜、库尔特[[血细胞分析]]仪、全自动[[流式细胞仪]]、全自动发光[[免疫]]分析仪、全自动特定[[蛋白]]仪、全自动酶免分析仪、20台德国费森尤斯[[血液透析]]机、宫腔镜、[[腹腔镜]]、弹道碎石镜、[[前列腺]][[电切镜]]等档次较高的仪器设备，设备总价值近4500万元。医院中西药品种齐全，研制的具有中医药特色的制剂，如清化饮、补肾祛毒丸、大成散、畅脉乐、[[健心]]颗粒、乳消Ⅰ号、Ⅲ号等，临床疗效显著。

医院突出中医特色[[疗法]]，坚持走中西医结合道路，继脾胃病专科建成省级中医重点专科之后，中西医结合[[肾病]]、中西医结合[[心力衰竭]]专病、中医康复专科及中西医结[[合脑]][[血管病]]等四个专科专病也被确定为省级中医重点专科建设项目。2001年11月中医[[针灸]]科、推拿科、[[康复科]]、[[神经内科]]合并成立了康复中心，拥有3000平方米场地，70张床位和添置各种先进的康复设备，成立我省最大，效益最好的康复基地。医院与台湾国立阳明大学复健科技辅具研究所合作成立骨关节治疗中心。开展[[肿瘤]]、结石、[[妇科]]介入性治疗和[[肾脏]]、眼角膜等器官移植业务。

作为福建中医学院的附属医院和临床教学基地之一，医院投入了大量的资金，成立了现代化的学术中心和多媒体电教室，为福建中医学院每年承担5000多学时的临床课教学和200多名见实习生临床带教任务提供场所保障。医院同时作为国家药品临床研究基地，承担了脾胃病、心[[肺系]]病、老年病、肾病、骨伤病的[[中药]]新药临床验证任务。医院十分重视，积极开展临床科研活动，近年来在省级以上专业刊物发表论文322篇，引进新技术、开展新项目134项，承担科研课题53项，获科研成果21项，其中省部级6项。