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土壤微生物是存在于地表面或[[土壤]]颗粒间隙和颗粒表面的[[微生物]]。土壤中可以观察到[[细菌]]、放线菌、[[子囊菌]]、[[担子]]菌、[[酵母菌]]、藻类、[[原生]]动物等多种微生物。其种类和数目随土层深度、氢[[离子]]浓度、温度、湿度和季节而有明显变化。藻类在地表面或靠近地表面的土层进行光合[[作用]]，[[硝化细菌]]、[[铁细菌]]和[[硫细菌]]等进行[[化学合成]]作用，其他微生物则营有机[[营养]]生活。在深层土壤等特殊条件下还发现有进行特殊化学合成作用的无机营养型细菌。细菌多[[分布]]在中性至弱碱性土壤，好氧性细菌多分布在上部土层，[[厌氧性细菌]]则多分布在下部土层。[[真菌]]多分布在酸性土壤。[[枯草杆菌]]、[[假单胞菌]]、梭状[[芽孢杆菌]]、[[大肠杆菌]]、[[纤维]][[分解]]菌、放线菌以及各种真菌等，都是营有机营养生活的，都能分解土壤有机质，作为[[分解者]]而在[[自然界]]（生态系）的[[物质循环]]中起着重大作用。由土壤微生物引起的[[土壤呼吸]]与碳素[[循环]]有关，而由土壤微生物引起的固氮作用、[[硝化作用]]、[[反硝化作用]]等则与[[氮素循环]]有关。生物体内[[保持]]的营养盐分，经土壤微生物分解矿化，重新转化为植物能够利用的[[形态]]。S．A．Waksman很重视土壤微生物社会中由[[抗菌]]物质的存在所出现的生物[[拮抗作用]]。

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