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自生固氮菌是自由生活在[[土壤]]或水[[域中]]，能[[独立]]进行固氮[[作用]]的某些[[细菌]]。以[[分子]]态氮为氮素[[营养]]，将其还原为NH3，再合成[[氨基酸]]、[[蛋白质]]。包括好氧性细菌，如[[固氮菌]]属、固氮螺菌属以及少数[[自养]]菌；[[兼性厌氧菌]]，如[[克雷伯氏菌属]]；[[厌氧菌]]，如梭状[[芽孢杆菌]]属的一些种。还有光合细菌如红螺菌属、绿菌属以及蓝细菌（蓝藻），如鱼腥藻属、念珠藻属等。

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