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1985年设立云林县北港分部与中正医学中心。1989年设立中国医药研究所博士班。自早期致力于中医药现代化，创校至2001年已扩展为12个学系、7个研究所、1个分部、2所附设医院之规模，2003年8月改制为'''中国医药大学'''。
中国医药大学在上海交通大学2012年8月15日最新公布的2012年“世界大学学术排名”，首度列在世界顶尖前500名(排名453)，与台大、清华、成大、交大、长庚、[[阳明]]、中山、中央等九所国内大学同列世界前500大学名单，是中台湾唯一进榜的大学，并超越国立中央大学和国立中山大学。 明基友达基金会赠送纪念石雕，放置于中国医药大学台中校本部和风广场，吸引众多学生及家长参观。http://www.cmu.edu.tw/news_detail.php?id=2137明基友达基金会赠送纪念石雕，放置于中国医药大学台中校本部和风广场，吸引众多学生及家长参观。
中国医药大学在2012年列在世界大学学术排名前500大，更挺进世界临床医学与药学（简称医科）领域前200强。临床医学与药学的排名中，台湾有三所进入世界前200强，分别为国立台湾大学、中国医药大学与长庚大学。中国医药大学研发长蔡辅仁表示，论文数相较于六年前，成长4.1倍，而高品质的期刊论文则成长6.5倍，达215篇。近三年的论文平均被引用次数达3.44次，居台湾7所医学大学之首。
2013年荣获土耳其中东科技大学URAＰ世界大学排名第441名，在医药领域排名201名，在台湾的大学中排名第4；在农业与环境科学领域排名335名，在台湾的大学中排名第4；在[[生命科学]]领域排名271名，在台湾的大学中排名第4。www.cmu.edu.tw/news_detail.php?id=2516领域排名271名，在台湾的大学中排名第4。
=== 历任董事长 ===
# [[陈伟德]]：2002年8月-2003年1月（代理）
# [[叶纯甫]]：2002年2月-2005年7月
# [[黄荣村]]：2005年8月-2014年1月（不满[[民进党]]籍[[立法委员]][[陈亭妃]]影射靠其身分才让学校取得教育部补助经费，2013年5月愤而请辞[http://udn.com/NEWS/BREAKINGNEWS/BREAKINGNEWS1/7871577.shtml 黄荣村声明：大学校长不能受辱]，联合报，2013年5月2日）影射靠其身分才让学校取得教育部补助经费，2013年5月愤而请辞）
# [[李文华]]：2014年2月-迄今
