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#α-螺旋：这种蛋白存在于细菌细胞的内膜或真核细胞的质膜，也有时存在于真核细胞的外膜。alpha-helical proteins in outer membranes include [[Stannin]] and [http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2j58 certain lipoproteins], and others这是跨膜蛋白的主要类型。据估计在人体内所有蛋白质的27螺旋：这种蛋白存在于细菌细胞的内膜或真核细胞的质膜，也有时存在于真核细胞的外膜。这是跨膜蛋白的主要类型。据估计在人体内所有蛋白质的27%是α-螺旋膜蛋白。#β-筒状蛋白。到目前为止，这类蛋白仅在革兰氏阴性细菌的外膜、革兰氏阳性细菌的细胞壁、以及线粒体和染色质的外膜上发现。所有的β-筒状跨膜蛋白都有最简单的上-和-下拓扑学结构，这可以反映出他们共同的进化起源和相似的折叠机制。另一种分类是根据其N- 和C-末端结构域的位置。I、II、III型为一次跨膜蛋白，而IV型是多次跨膜蛋白。I型跨膜蛋白用停止-传输锚定序列锚定到脂质膜上，并且，其N-末端结构域在合成时瞄准于ER腔（内质网腔，并且，如果成熟形式是位于质膜上，则N-末端结构域则瞄准于细胞外间隙。II型和III型用信号锚定序列锚定。II型用其C-末端结构域瞄准ER腔，而III型有其N-末端结构域瞄准ER腔。IV型有两个亚型-IV-A和IV-b。IV-A用其N-末端结构域瞄准细胞质，而IV-B则用其N-末端瞄准腔。Harvey Lodish etc.; Molecular Cell Biology, Sixth edition, p.546划分成四种类型的意义特别显示于转运和内质网束缚的翻译时。此时，蛋白必须根据类型决定其通过内质网膜的方向。末端瞄准腔。划分成四种类型的意义特别显示于转运和内质网束缚的翻译时。此时，蛋白必须根据类型决定其通过内质网膜的方向。

*像细菌视紫红质那样的蛋白包括视紫红质（也参见[[opsin]])[http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6 OPM database Rhodopsin-like proteins]* 细菌光合反应中心以及光合系统I和II[http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2 OPM database Photosynthetic reaction centers and photosystems]*来自于细菌和叶绿体中的捕光复合物[http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1 OPM database Light-harvesting complexes]

*跨膜细胞色素b样蛋白[http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3 OPM database Transmembrane cytochrome b like]:辅酶Q-细胞色素c还原酶（细胞色素bc1）；细胞色素b6f复合物；甲酸脱氢酶、呼吸硝酸还原酶；琥珀酸-辅酶Q还原酶（延胡索酸还原酶）；和琥珀酸脱氢酶。见电子传输链。*来自细菌和线粒体的细胞色素c氧化酶[http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4 OPM database Cytochrome c oxidases]

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