*[[双滴虫类]](Diplomonadida)，如[[曲滴虫]]、[[贾第虫]]。
*Parabasalidea
**[[毛滴虫纲]](Trichomonada)**[[超鞭毛纲]](Hypermastigia)
*[[异叶足纲]](Heterolobosea)，如[[集胞菌]]。
*[[眼虫门]]
**[[动质体目]](Kinetoplastida)**[[眼虫|眼虫纲]]
*[[隐藻纲]](Cryptophyta)
*[[定鞭藻|定鞭藻纲]](Haptophyceae)，如[[球石藻]]、[[等鞭金藻]]、[[棕囊藻]]。
*[[不等鞭毛类]]，除下列分类还包括[[辐球虫]]、[[蛙片虫]]等。
**[[金藻|金藻纲]]**[[硅鞭藻|硅鞭藻纲]](Dictyochophyceae)**[[针胞藻|针胞藻纲]](Raphidophyceae)**[[前毛壶菌|前毛壶菌纲]](Hyphochytriomycetes)**[[卵菌|卵菌纲]]**[[褐藻|褐藻门]]，如[[海带]]、[[巨藻]]、[[马尾藻]]、[[墨角藻]]。**[[硅藻|硅藻门]]**[[黄藻|黄藻门]]
*[[囊泡虫类]]
**[[顶复门]]，如[[疟原虫]]。**[[纤毛虫|纤毛虫类]]，如[[喇叭虫]]、[[中缢虫]]、[[榴弹虫]]、[[草履虫]]、[[四膜虫]]。**[[甲藻|甲藻门]]
*[[单孢子虫门]](Haplosporidia)
*[[丝足虫类]]
