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丁鹤年虽是风雅之人，但其家族是医药世家，丁鹤年的曾祖父就是元大都（今北京）名噪一时的饮膳太医老阿丁。秉承家风，丁鹤年深得回、汉医药之[[精髓]]，养生之真谛，在中医药养生方面建树硕丰，本人历经磨难，目睹了战乱中人民生灵涂碳，瘟疫肆虐，疾病横行，到处是受疾病折磨和夭折的百姓，加之自己父母的早逝，更让他坚定了“不为良相只做上医鸿儒”的志向，他所到之处，均以教书行医为生，而且积累了许多民间验方、丹方，收集了许多民间中草药。他一路行医治病的同时，游历名山大川，拜访名人圣士，谈诗论道，切磋易理，探讨养生之法，他在《奉寄九灵先生四首》中写到：“清泉白石两悠然，仙隐何妨日似年。颇厌文章妨大道，却从奇偶玩先天。云间犬砥烧丹鼎，雨里龙耕种玉田。终岁不闻城府事，闭门闲着养生篇”。其“奇偶”既指阴阳，“先天”指易经。他专心研究中医学的核心理论——阴阳学说的真谛，通过总结自己的医疗实践经验分析阴阳理论对人们养生之道指导意义，并逐步有了自己独到的理解和认识，这就使他打下了深厚的中医药理论功底，加之他擅长中药的炮制之法，在处方的炮制上推陈出新，独辟蹊径，富有创造性，所以他留传下来的不少古方、偏方、秘方，都很有实用价值，与社会上、市面上、江湖上所流传的一般配方不同。他行医于战乱，因此所接诊的患者很多为战乱中所得外伤、瘟疫流行中传染所得的瘟病和因长期饥寒交迫所得的虚衰之症，使他在这几个方面的实践经验更加丰富，从祖传的验方中发展而来的刀伤药、愈骨散、辟瘟汤等用于治疗和预防效果更加显着，种类也更丰富。这些都为日后他创办鹤年堂，开创独具特色的鹤年堂养生理论打下了基础。正是他在躲避战乱之时仍研

明嘉靖年间（1556年前后），鹤年堂曾相继开设了五家分号，遂有“五鹤朝天”之称，老店作为总店仍在菜市口原址，严嵩之子严世藩题匾“西鹤年堂”。1929年，刘一峰执掌时期，曾在东安市场开设分店；1935年，又在西单开设了分店，在陶然亭首建了鹿苑和药圃，；1936年还在西安开设了分店，公私合营前1955年批准歇业。总店仍在菜市口。1956年公私合营前，鹤年堂在北京拥有菜市口总店、生产厂、东安市场分号、西单分号、陶然亭鹿苑、药圃等。

2002年实行现代企业制度改造，组建北京鹤年堂医药有限责任公司，注册资金（人民币）1000万元，第一任董事长为王胜利，董事长一职后由臧东坡担任。