===探寻治疗药物===
创立了达原饮一方以治疗温疫。达到使邪气尽快从膜原溃散，以利于表里分消的目的。方中[[槟榔]]能消能磨，为疏利气机之品，可以除伏邪，又可治岭南瘴气；[[厚朴]]亦属疏利气机之品，可以破戾气之所结；[[草果]]辛烈气雄，可以辛散以除伏邪蟠踞。三味药物相合协力，以使气机疏利，直达巢穴，促使邪气溃散，速离膜原。方中又用[[知母]]以滋阴，盖温疫之邪性属温热，易伤津液之故。热伤营血，故加[[芍药]]以和血，再加[[黄芩]]以清燥热之余，用[[甘草]]以调和诸药。药虽七味，却能调畅气机，透达膜原，故为治疗温疫之邪的主方。由于温疫之邪从膜原既可入里，又可出表，故而经常兼见表里症状，吴氏又创立[[三消饮]]，以治疗温疫之邪出入表里，表证、里证、半表半里之证兼见者。三消饮即达原饮再加[[大黄]]、[[羌活]]、[[葛根]]、[[柴胡]]、[[生姜]]、[[大枣]]而成。
若温疫之邪已经散漫则又要根据邪气所在部位予以不同治疗。若见脉长而洪散，大汗大渴，周身发热，则说明邪气已离膜原，而里热散漫，其病机已与伤寒病阳明气分证一致，故仍可用白虎汤辛凉解散。若邪气透于胸膈，而见满闷心烦喜呕，欲吐不吐，虽吐而不得大吐，腹中不满，欲饮不能饮，欲食不能食，说明膜原之邪已外溃于胸膈，邪气在上，可选用瓜蒂散涌吐疫邪。若温疫之邪入于里，见有可下之证，就可以使用下法。吴氏十分重视下法的应用，并认为下法的应用范围很广。吴氏指出，若舌苔由白转黄、黑苔、或舌芒刺、舌裂、舌短、舌硬、舌卷、舌砂苔、唇燥裂、唇焦、唇口起皮、鼻孔如烟煤、口臭、口燥渴、目赤、咽干、呼吸气如喷火、小便红赤或涓滴作痛、大便极臭、扬手掷足、脉沉而数、潮热、善太息、心下满、心下高起如块等四十症，均属可下之证。由于温疫之邪由口鼻而入，先入其里。若里气结滞，使气机闭塞不通，则膜原之邪不能透达，表气亦不能解，故而攻里尤重于解表。若温疫之邪已经散漫则又要根据邪气所在部位予以不同治疗。若见脉长而洪散，大汗大渴，周身发热，则说明邪气已离膜原，而里热散漫，其病机已与伤寒病阳明气分证一致，故仍可用[[白虎汤]]辛凉解散。若邪气透于胸膈，而见满闷心烦喜呕，欲吐不吐，虽吐而不得大吐，腹中不满，欲饮不能饮，欲食不能食，说明膜原之邪已外溃于胸膈，邪气在上，可选用[[瓜蒂散]]涌吐疫邪。若温疫之邪入于里，见有可下之证，就可以使用下法。吴氏十分重视下法的应用，并认为下法的应用范围很广。吴氏指出，若舌苔由白转黄、黑苔、或舌芒刺、舌裂、舌短、舌硬、舌卷、舌砂苔、唇燥裂、唇焦、唇口起皮、鼻孔如烟煤、口臭、口燥渴、目赤、咽干、呼吸气如喷火、小便红赤或涓滴作痛、大便极臭、扬手掷足、脉沉而数、潮热、善太息、心下满、心下高起如块等四十症，均属可下之证。由于温疫之邪由口鼻而入，先入其里。若里气结滞，使气机闭塞不通，则膜原之邪不能透达，表气亦不能解，故而攻里尤重于解表。
===创立温疫学说===
创立了温疫学说,领先西方世界200年。形成了一个比较系统的温病辨证论治纲领，提出了一系列新的学术见解，充实了祖国医学温热病学的内容。他的邪气侵犯途径对叶天士的温热学说有一定的启示。其学术思想使温疫学说独立成体系，对祖国医学的贡献是应当充分肯定的。
