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薛己的学术观点，是在深入研究前人学术思想的基础上，并结合个人临证心得总结而成的。在当时元末明初，世医浪学丹溪之法，恣用知、柏，流弊日深的情况下，薛氏敢于提出新的观点，在理论上重视脾胃，注重脾胃与肾命的关系，在治疗上善于温补，对明代以后诸医家逐步对肾命的探索引向深化有着直接的关系，薛氏本人不失为一位对明代医学发展有较大影响的医家。

《内经》提出“治病必求于本”，薛己遵循《内经》的思想，亦十分重视这一点。他治病求本的思想主要反映在两个方面：

其一、他强调运用辨证论治的方法，以求疾病之本，故在《明医杂著》注中，他说：“凡医生治病，治标不治本，是不明正理也。”强调辨证求本、治病求本的重要性。他还说：“洁古张先生云：‘五脏子母虚实，鬼邪微正，君不达其旨意，不易得而人焉。徐用诚先生云：‘凡心脏得病必先调其肝肾二脏，肾者心之鬼，肝气通则心气和，肝气滞则心气乏，此心病必求于肝，清其源也。’五脏受病必传其所胜，水能胜火，则肾之受邪必传于心，故先治其肾，逐其邪也。”薛氏在这里借用张元素、徐用诚之语，表明在临床上，要把人体当成一个整体看待，五脏之中，任何一脏的病变，除与本身有关，还存在着他脏对其的影响，脏腑之间存在着生克乘侮、子母相生的多种关系，再加上邪气与正气的交争，更应加以辨析，并举心病为例，提出了肝之疏泄对心气的通达旺盛十分有关，而肾之受邪由于心肾的所胜关系，亦容易影响及心，以说明辨证要求疾病产生的本源。

盖脾胃为人体后天之本，水谷之消磨运化全赖于此，精微气血之化生全在于此，五脏六腑之营养全依赖脾胃之气的强盛，所谓“中土以灌四傍”。以人身之正气而言，虽根于先天之肾命，然不断充养全在脾胃，而正气之盛衰于人体抗卫外邪，祛除疾病，维护健康是至关重要的，只有正气充盛，才能祛邪于外，维持人身之健康。以此言之，治病之根本即在于恢复正气，补养脾胃就成为治病之根本，所以薛己提出“胃为五脏本源，人身之根蒂”。

薛氏滋其化源，是指疾病的治疗要滋养人身气血精液化生之源。薛氏认为人体后天生化之源，当属脾胃元气，土为万物之母，故自然界非土不能长养万物，人体脾胃五行属土，中土以灌四傍，只有脾胃昌盛，人身之脏腑四肢百骸才能得到滋养，所以薛己说：“当补脾土，滋化源，使金水自能相生。”　由于脾气充盛，肺金自然健旺，化源充足则阴精亦自充足，肺肾两脏健壮，既可养肝，又可降心火，四脏自平。故黄履素在解释薛氏滋化源之论时说；“化源者何?盖补脾土以滋肺金，使金能生水，水足木自平而心火自降。”

正因如此，故薛氏用此法可治因脾胃亏损之咳嗽，即后世的“培土生金”之意。薛氏滋化源之治法，意在通过补脾胃以达到补四脏之目的，所以他说：“症属形气病气俱不足，脾胃虚弱，津血枯涸而大便难耳，法当滋化源。”

虽然，薛氏滋化源之论重在实脾胃，但他对滋化源的具体治疗方法并不局限于脾胃。他根据肾、命门与脾胃的关系；认为在直接治理脾胃之外，还当求之于肾命，故常用六味丸、八味丸加减出入。他在《明医杂著注·续医论》中云：“所以致病者，皆由气血方长而劳心亏损，或精血未满而纵情恣欲，根本不固，火不归经，致见症难各，虽常补其阴以制其火，然而二尺各有阴阳水火，互相生化，当于二脏中各分阴阳虚实，求其所属而平之。若左尺脉虚弱而细数者，是左肾之真阴不足也，用六味；右尺脉迟软或沉细而数欲绝者，是俞门之相火不足也，用八味。至于两尺微弱．，是阴阳俱虚，用十补丸，此皆资其化源也。”这段文字，从肾、命是人身阴精阳气之本立论，两手之脉，左尺属肾，右尺属命门，虚损之病，见左右尺脉不足者，当从肾、命人手，资其化源。

薛氏认为脾胃之盛衰与人体健康关系十分密切，其在李东垣脾胃学说的影响下，在论述疾病之病机时。十分强调从脾胃之虚分析。他曾说：“人之胃气受伤，则虚证蜂起。”　又说：“设或六淫外侵而见诸症，亦因其气内虚而外邪乘袭。”说明不论内伤外感引起的疾病，都与脾胃虚损有关。这一点，与李东垣“脾胃之气既伤，而元气亦不能充，而诸病之所由生也”　的观点如出一辙，毫无二致。

在具体治疗上，薛氏主张“脾胃为气血之本，若阳气虚弱而不能生阴血者，宜用六君子汤；阳气虚寒而不能生阴血者，亦用前汤加炮姜；若胃燥热不能生阴血者，宜四物汤；若脾胃虚寒不能生阴血者，宜八味丸”。“内伤发热者，因饮食过量，劳伤过度而损耗元气，阴火得以乘其土位，故翕翕然而发热，宜用补中益气汤以升其阳。若因劳力辛苦，人房不节，亏损精血，虚火妄动而发热者，宜用六味地黄丸以补其阴；不可以认作有余之火而用黄柏、知母之类也”。“阳虚发热者，宜补中益气汤以升补阳气；阴虚发热者，宜用六味地黄丸以培补阴血。总论二症，虽有阴阳气血之分，实则皆因脾胃阳气不足所致，其发热属形病俱虚，余故禁服黄柏、知母，恐复伤阳气耳”。以上可见，薛己不仅接受了李东垣脾胃病阴火上乘而致内伤发热，用补中益气的治法，而且对人体不论阳气不足，还是内有虚火燥热，均主张以温补之法升发脾胃之阳气，使阳生阴长，人体气血阴阳得以恢复，形成温补脾胃的治疗特点。当然，对于火衰土弱的虚寒证，又指出可以补火生土，强调了肾命对脾胃的温养作用，发东垣所未发。

薛氏对肾命的认识，较前人亦有较大的发挥，形成了自己的学术特点。他对命门的认识，尚未能脱离《难经》左肾右命门之说，且其对肾命的认识，受到王冰“壮水之主，以镇阳光；益火之源，以消阴翳”的启发。正如他说：“故无火者当用八味丸，益火之源，以消阴翳；无水者用六味丸，壮水之主，以镇阳光。然其所以治病者，皆由气血方长，而劳心亏损，或精血未满，而纵情恣欲，根本不固，火不归经，以致见证难名。”薛氏将《金匮要略》的八味丸与钱乙，[小儿药证直诀》的六味丸，用于治疗各种虚损病证，使补肾的治法广泛运用于治疗杂病，对后世有很大影响，如后来赵献可的命门学说及其治法，善以六味丸、八昧丸治百病是受其启发的。

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