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一类是论述疾病的病因病机、治疗方法，记述各科临证验案内容的薛氏自己的著述，有《内科摘要》2卷，该书是中国第一次以内科命名学科及书名者；《女科撮要》2卷；《过庭新录》（一名《保婴金镜录》）1卷；《外科发挥》8卷；《外科心法》7卷；《外科枢要》4卷；《正体类要》2卷，是正骨科专书；《口齿类要》1卷，是口腔和喉科专著；《疠疡机要》3卷，是麻风专著；《疠疡机要》1卷。在其所著《外科枢要》、《外科发挥》及《薛氏医案》三书中对皮外科痈疽、天疱疮、赤白游风、臁疮、时毒等疾病的病因病机、临床表现及治疗作了详细论述，并附有临床医案。宋以来对痈疽疮疖的治疗主张托里内消，薛氏则指出必须辨证治疗。治法上重视脾胃，偏于温补。

第二类是经他校注和增补的著作，有宋代陈自明《妇人良方大全》24卷、《外科精要》3卷；宋代钱乙《小儿药证直诀》3卷；宋代陈文中《小儿痘疹方论》1卷，王纶《明医杂著》6卷；倪维德《原机启微》3卷；薛铠《保婴撮要》20卷。薛氏校书，常附以己见和医案。如对《妇人大全良方》，增加候胎、疮疡两门，附有个人治验和方剂，对《原机启微》，也有增补。

==主要作品==