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陈实功兴趣广泛，所阅书籍涵古代文化、哲学、理学等，古今前贤的著作以及历代名医的理论、病案等一类书籍，他更是勤学苦读，爱不释手。对于古代典籍，陈实功从不死记硬背，生搬硬套，而是融会贯通，灵活运用，把自己在行医实践中取得的一些经验与古人治病方法相互结合，总结出一套适合于大众的，实际中切实可行的理论。他继承和发展了著名医学家李沧溟的观点，并根据病者的实际病况，采取内治或内治外治相结合的方法。在外科手术治疗上，尤为突出。陈实功主张“开户逐贼，使毒外出为第一”，外部手术与内服相结合，如对息肉摘除，气管的缝合等。由于他医术高明，因而名声大震，登门求医者络绎不绝。

为了使外科医学能够让更多的人重视起来，让更多的行医者掌握方法技巧，他不顾晚年的身体虚弱，根据自己多年行医的丰富经验和明朝以前外科医学方面的部分成就，于明万历四十五年(公元1617年)撰写了一部重要的外科医学著作《外科正宗》，这是他学术思想的集中体现。全书共二十余万字，共分四卷。从病痛的根源、诊断到外科上常见的大部分疾病，从各家病因理学说到临床症状和特点，以及各种病症的治疗方法，手术的适应症、禁忌等，从各种病情的形状到药剂的组成，都作了详细的论述。其中对皮肤病、肿瘤都有较多的论述。对于肿瘤之症，陈实功认为肿瘤只有及早的发现，才能摸清病源，以便能够及早的治疗，或许尚有一线希望治愈。另外，对于现代医学中所遇到的淋巴转移，鼻咽癌等，亦有论述。这些研究和探索十分珍贵，对现代临床治疗都有一定的启示。全书综述了自唐朝以来历代外科中有效治疗经验，科学性强，论述精辟，能充分代表明代时期我国外科医学的巨大成就，具有较高的学习研究价值。其中对下颏骨脱臼的治疗整复手术，完全符合现代医学的要求，直到现在仍一直沿用。《外科正宗》印行后，广为流传，并流传到日本等国。成数300余年来有各种版本50余种，成为中医外科的经典著作。

==学术内容==