系统形态学主要是探讨生物系统的形态学特征的一门学科。大都是从系统关系来了解不同动、植物形态差异的相互关系。它不单纯是肉眼所能见到的形态,而且还通过光学显微镜和电子显微镜来研究有关细胞内的微细结构,以掌握生物进化具体事例的学科。