肺孢子菌纲只有一目、一科、一属,是外囊菌亚门中一类比较原始的真菌,直到20世纪初才被发现,是一种类酵母菌,寄生在人类和哺乳动物的肺中,其中最早发现的是P. carinii,寄生在鼠类的肺中,于1909年发现,直到1945年才发现是P. jirovecii寄生在人类的肺中,导致人类发生肺孢子菌肺炎(PCP)。