菌落形成单位（CFU）是指在琼脂平板上经过一定温度和时间培养后形成的每一个菌落，是计算细菌或霉菌数目的单位。这个单位比“菌落数”更准确反映问题的实质。从理论上认识，一个活细菌可以在条件合适的固体表面上形成一个菌落，但实际上远非如此。例如，在环境因素作用下，每一个细菌的生活能力各不相同，会影响其在该条件下形成菌落的能力；又如，吸附于微小颗粒上的2个以上菌体或粘连在一起的菌团可能共同形成一个菌落等等。致使形成的菌落数远远低于实际的活菌数。因此目前可用菌落形成单位代替以往常用的“菌落数”单位。
