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对特异性[[致病菌]][[感染]]者，最好的治疗方法是应用抗生素。若直肠炎是因用抗生素而破坏正常肠道菌群所致，则选用[[灭滴灵]]或[[万古霉素]]，可消灭这些有害的致病菌。对放射治疗或病因不明者，可采用皮质激素，如[[氢化可的松]]和另一种抗炎药5-[[氨基水杨酸]]治疗，两者均可作为[[灌肠]]或[[栓剂]]用药。另一种[[皮质类固醇]][[可的松]]还可以制成[[泡沫剂]]随[[导管]]插入直肠内使用。同时可口服[[水杨酸偶氮磺胺吡啶]]或类似药物。如果上述治疗方法未能减轻炎症，则需口服皮质类固醇治疗。

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