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主要包括以下四点。①虫体大量增殖，破坏寄主[[细胞]]和组织，并影响其功能。如果不及时治疗，不终止原虫的繁殖，最终将导致寄主病情的恶化，以至死亡。如多氏[[利什曼原虫]]在[[巨噬细胞]]内繁殖，使巨噬细胞大量破坏和[[增生]]，造成肝、脾、淋巴结肿大，人体[[抵抗力]]降低，常合并细菌性感染而死亡。②原虫的代谢产物和崩溃的虫体所产生的[[毒性]]、溶解和[[致敏作用]]。如疟原虫在完成红内期裂体增殖后释放到血流中的物质可成为内源性致热原，刺激[[体温]]中枢引起[[寒热]]。③感染原虫后寄主会产生一定的免疫力，虫体通过[[抗原]]的[[变异]]或其他途径而设法逃避这种免疫力的作用，从而使寄主与虫体保持暂时的平衡。当寄主全身或局部抵抗力下降时，则可使[[隐性感染]]转变为临床发作。此外，在寄主对原虫产生体液和[[细胞免疫]]反应的同时，也可出现[[变态反应]]，引起[[自身免疫]]性病理损害。如患[[疟疾]]时由于抗原、[[抗体]]及[[补体]]在[[细胞表面]]上的结合，致使[[红细胞]]溶解。原虫病很少引起象[[蠕虫病]]那样的嗜酸粒细胞增高及速发型[[皮肤过敏]]反应。④原虫的致病作用常与同时存在的[[病原微生物]]有协同作用。如肠道无[[病原菌]]的豚鼠，按种的溶组织内阿米巴不侵入肠粘膜，而同时[[接种]][[细菌]]时，则发生肠粘膜溃疡。

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