除了上面所述的情况外，性功能障碍也有器质性原因，在诊断性功能障碍时必须排除有关的躯体[[疾病]]如性器官的[[慢性炎症]]、[[外伤]]以及相关的神经系统的病变。某些内分泌疾病，长期服用某些药物，患有[[精神疾病]]如[[抑郁症]]、[[焦虑性神经症]]都可能出现性功能障碍。
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