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医院设32个临床科室和6个医技科室，其中含国家教育部重点学科、[[卫生部]]重点实验室1个（[[消化内科]]），上海市临床医学中心和上海市教委重点学科2个（[[消化科]]、[[风湿科]]），上海市科委重点实验室1个（[[激光]]医学中心），上海市医疗[[质控]]中心2个（血透、激光）,市级研究所3个（[[消化]][[疾病]]、[[风湿]]疾病、[[男科]]学），其他各类医学研究室（中心）14个和上海市人类[[精子]]库。
新中国成立以来，仁济医院取得了许多临床医学成果，填补了我国医学的多项空白，如[[心脏]][[二尖瓣狭窄]]分离术，使心脏手术从心外进入心内禁区；[[低温]][[麻醉]]下心内直视[[肺动脉瓣切开术]]，是我国心内直视技术的开端；低温麻醉[[房间隔缺损]]直视修补，则使低温直视心内手术上了新台阶；[[针刺麻醉]]下体外循环心内直视手术成功，更是我国的开创性医学成果。江绍基教授因“消化疾病和[[血吸虫病]]等领域”的卓越成就，获得中国工程院院士称号。此外，国内首次成功施行的皮[[肾静脉]][[吻合术]]、门腔静脉吻合[[分流术]]、[[晚期]]吸血虫病[[外科]]治疗、脾血回输新技术等，都具有相当高的水平.
仁济临床医学院设有18个教研室，承担了各种临床医学专业的教学任务，数十年来为国家培养了5000余名医学人才。现有博士点13个，博士生导师37名；硕士点21个，硕士生导师73名。
多年来医院致力于国际医学界的交流合作，已与美国、法国、日本等十余个国家的二十多所医学院校建立了学术交流和友好合作关系。
在市级[[医疗机构]]中率先推行并通过IS09001质量认证；随着医疗改革的深入，医院主动参与战略联盟，提升医院的品牌和竞争力，先后托管了嘉定中心医院、崇明中心医院和[[长宁区同仁医院]]。仁济医疗管理有限公司已成功托管江浙沪地区二甲以上共10余家医院；全康医疗中心为外籍人士提供国际水平的、高质量的医疗保健服务。
该院在《2007全国医院排名》中综合排名名列第八，[[神经外科]]排名名列第七，[[耳鼻喉科]]排名名列第五，[[妇产科]]排名名列第六，消化内科排名名列第二，[[内分泌科]]排名名列第二
