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[[荧光抗体技术]]在临床检验上已用作[[细菌]]、[[病毒]]和[[寄生虫]]的检验及[[自身免疫病]]的诊断等。在细菌学检验中主要用于菌种的鉴定。[[标本]]材料可以是[[培养物]]、[[感染]]组织、病人分泌[[排泄物]]等。本法较其他鉴定细菌的[[血清学]]方法速度快、操作简单、敏感性高，但在细菌实验诊断中，一般只能作为一种补充手段使用，而不能代替常规诊断。[[荧光抗体]][[染色]]法对[[脑膜炎]]奈氏菌、[[痢疾]]志贺菌、[[霍乱弧菌]]、[[布氏杆菌]]和[[炭疽杆菌]]等的实验诊断有较好效果。荧光间接染色法测定[[血清]]中的抗体，可用于[[流行病学调查]]和临床回顾诊断。[[免疫荧光]]用于[[梅毒螺旋体]]抗体的检测是[[梅毒]]特异性诊断常用方法之一。[[免疫荧光技术]]在[[病毒学]]检验中有重要意义，因为普通[[光学显微镜]]看不到病毒，用荧光抗体染色法可检出病毒及其繁殖情况。

免疫荧光法还是检测[[自身抗体]]的好工具，在自身免疫病的实验诊断中应用广泛。其突出优点是能以简单方法同时检测抗体和与抗体起特异反应的组织成分，并能在同一组织中同时检查抗不同组织成分的抗体。主要有[[抗核抗体]]、[[抗平滑肌]]抗体和抗[[线粒体]]抗体等。抗核抗体的检测最常采用[[鼠肝]]作[[核抗原]]，可做成冰冻切片、印片或[[匀浆]]。用[[组织培养]][[细胞]]如hep-2细胞或hela细胞[[涂片]]还可检出[[抗着丝点抗体]]、抗中性粒细胞浆抗体等。应用免疫荧光技术可以检出的其他自身抗体有抗（胃）[[壁细胞]]抗体、抗双链dna抗体、[[抗甲状腺球蛋白]]抗体、[[抗甲状腺]][[微粒体]]抗体、抗骨髓肌抗体及抗肾上腺抗体等。