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散在重复序列是与串联[[重复序列]]的[[组织]]形式不同的另一类重复序列是散在方式[[分布]]于[[基因]]组内的散在重复序列。这类[[DNA]]序列一般都是[[中度重复序列]]。根据重复序列的长度可以分为短分散重复序列(short interspersed nuclear elements，或short interspersed repeated sequences，SINEs)，长度在500 bp以下，在人基因组中的重复贝数达10万以上。重复序列单元长度在1 000 bp以上的称为[[长散在重复序列]](longinterspersed nuclear elements或long interspered repeated sequences，LINEs)，在人基因组中有上万份拷贝。人类基因组中所有SINE之间的平均距离约为2．2 kb。在[[结构]]基因内部，结构基因之间和基因簇内，以及[[内含子]][[中都]]有SINEs，但在结构基因的[[编码]]区内中还没有发现。

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