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真菌性肺炎的最主要治疗当然是抗真菌治疗，对症支持治疗也很重要，比如祛痰、止咳、平喘等，病情严重时可能需要辅助呼吸。真菌性肺炎最常见的是[[白色念珠菌]]感染，在培养及药敏结果未出来之前可用氟康唑治疗。用于治疗真菌感染的药物相对较少，而且具有较强的肝肾毒性，所以在临床工作中必须谨慎选择用药时机和药物类型。真菌培养和药物敏感实验有助于指导临床工作。从其作用机制上分，抗真菌药物可分为以下三类：

==== 作用于真菌细胞膜的药物 ====

这一类药物和真菌细胞膜上麦角甾醇结合，使膜分解或增加膜的通透性，而到达治疗目的。这一类药物又可以分为三类：

氟康唑对真菌依赖的细胞色素P450酶有高度特异性，可抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响细胞膜的通透性，而抑制其生长；但对人体细胞或P450酶作用甚微。对吡咯类药物过敏的患者禁用，孕妇禁用全身制剂。由于药物主要是通过肾排泄，所以治疗过程中应该定期作肾功能检查，并在治疗前和治疗过程中定期检查肝功能。副作用主要表现为过敏反应、消化道反应、肝毒性和一过性的中性粒细胞和血小板减少。

（3） '''烯丙胺类'''：代表药物有[[布替萘芬]]和[[特比萘芬]]，可抑制真菌的角鲨烯环氧化酶而达到杀菌或抑菌的作用，该酶是麦角固醇合成的关键酶之一。临床多用于浅部真菌感染。

==== 作用于真菌细胞壁的抗真菌药物 ====

目前上市的有卡泊芬净，由于该类药物是作用于细胞壁的合成，而动物细胞无细胞壁，所以其对人体的影响较小。卡泊芬净是一种由Glarea Lozoyensis发酵产物合成的半合成脂肽化合物，能抑制许多丝状真菌和酵母菌细胞壁的β（1，3）－D－葡聚糖的合成。适应证为对其他治疗无效或不能耐受的侵袭性曲霉菌病。

目前认为[[卡泊芬净]]的血浆清除主要机制是药物分布而不是排除或生物转化。所以其副作用较少，无须根据年龄、性别或肾脏受损情况调整药物剂量。肝功能不全的患者在使用时可根据Child评分调整剂量，Child评分5－6分的患者无需调整剂量，Child评分7－9分患者应减量使用，目前尚无Child评分大于9分的患者使用该药安全性评估的文献。其副作用主要有发热、头痛、腹痛、恶心、腹泻、呕吐、转氨酶升高、贫血、静脉炎或皮疹等表现。

==== 抑制真菌核酸生物合成的药物 ====

代表药物为氟胞嘧啶，可进入真菌细胞内转变为具有抗代谢作用的5－氟胞嘧啶，后者可取代脲嘧啶进入真菌的脱氧核糖核酸，从而阻断核酸和蛋白质的合成。对本药过敏、存在严重肾功能不全和有重症肝病的患者禁用该药。其主要的副作用有白细胞和血小板减少、骨髓抑制导致的全血细胞减少、中枢神经系统症状、胃肠道症状、皮疹和肝功能受损，曾有引起肝坏死的个案报道。所以在使用药物时必须定期检查周围血象、血清转氨酶、碱性磷酸酶、尿常规、血尿素氮和肌酐，并根据病情需要监测血药浓度，以50－75μg/ml为宜，如果大于100μg/ml，则容易出现血液系统及肝脏的不良反应。