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该院1994年建立广州市[[儿科]]研究所，1997年被评为广东省高等院校第一批入选教学基地，1998年定为[[广州医学院]]附属儿童医院。1996年我院[[新生儿]]专业被选为广东省"五个"工程项目。广州市重症儿童救治中心于1998年成立，并被评为广州市"21世纪优先工程项目"，2003年被评为广州市重点学科、广东省特色专业。

我院门诊部设普通[[门诊]]和专科门诊，有小儿[[内科]]、[[外科]]、[[皮肤科]]、[[神经]]康复科、[[中医科]]、[[口腔科]]、[[眼科]]、[[耳鼻喉科]]、[[保健科]]、[[理疗]]科等，以满足不同患者的需求。2005年我院门诊量134万余人次，急诊抢救成功率达98.34%。

我院住院部有400张床位，设[[感染]]、[[消化]]、[[呼吸]]、[[肾病]]、[[血液]]、神经康复、[[心血管]]、[[内分泌]]、新生儿内科、[[新生儿外科]]、[[泌尿外科]]、[[骨科]]、新生儿外科、[[烧伤]]、小儿普外、[[心胸外科]]、[[口腔]]外科、[[耳鼻咽喉科]]、眼科等病区。2005年出院病人2.1万余人次。

我院十分重视重点学科的建设，新生儿专业、神经康复专业、心血管专业、[[重症监护]]室、口腔专业、新生儿外科为重点专业。新生儿专业是广东省新生儿专业技术人员的培训中心，技术和设备在国内处于领先水平，2005年生儿抢救成功率为93.23%；神经康复专业使用[[中西医]]结合的方法为患有神经、精神、心理、行为等障碍的儿童提供高水平的预防和保健、[[康复治疗]]服务；心血管专业在国内最早采用[[超声]]引导[[球囊]][[房间隔]]造口技术姑息治疗新生儿危重先天[[心脏病]]，并开展小儿[[动脉导管未闭]]、[[肺动脉瓣狭窄]]、[[房间隔缺损]]等病的[[介入治疗]]，疗效显著，2005年开展心胸外科手术244台；广州市重症儿童救治中心由重症监护室（ICU）、新生儿重症监护室（NICU）和[[急诊科]]组成，创立的广东地区新生儿危重病救治网络为全国首创，配备现代化装备和先进的奔驰[[救护车]]3辆，出车达全省每一地区及周边省份， 2005年转运病人出车行程约19.8万公里，共计881人次(未含MR检查出车)；口腔专业在全国较早开展[[婴儿期]][[腭裂]]手术，手术患儿最小年龄为2个月，2005年[[唇腭裂]]手术达416台。

医院的特色专业也得到长足的发展，消化专业的小儿[[胃镜]]、呼吸专业的[[纤维]]支气管镜、儿外科的[[腹腔镜]]使用技术日趋成熟。内分泌专业加强了内分泌实验室的建设；[[肾脏]]专业的[[血液透析]]，[[血液灌流]]、[[血液滤过]]、血液净化等治疗技术在抢救危重病人中发挥了一定作用；耳鼻喉专业的小儿耳鼻喉[[内窥镜]]检查、小儿听力检测和评估、小儿睡眠呼吸障碍[[综合症]]的诊断及治疗在华南地区乃至全国处于领先水平。眼科开展了社区儿童眼保健工作，推动了广州市儿童眼保健事业的发展。

通过广纳各地之长，我院整体专业技术和管理水平都有了显著的提高。医院一大批优秀专家特别是大批中青年专家曾出国进修、留学以及经国内高水平的[[医疗机构]]培训。医院与国内外多家儿童医院结为姐妹医院或友好医院，经常邀请国内外专家来我院作短期工作或学术交流、讲学、手术示范和疑难病例讨论，仅2005年我院就接待了外宾36人次。

我院多年来通过开展"以病人为中心"系列主题活动，树立了良好的医院形象。医院获广州市1997-1999年度最佳服务单位、2001年度全省卫生系统行业作风先进集体、广州市卫生局系统行风建设标兵单位、2003年广东省优秀基层党组织、广东省、广州市"抗击[[非典]]模范单位"等荣誉。