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利用[[EST]]作为标记所构建的[[分子]][[遗传图谱]]被称为转录图谱。通过从[[cDNA]]文库中[[随机]]条区的[[克隆]]进行测序所获得的部分 cDNA的5＇或3＇端序列称为表达序列标签(EST)，一般长300～500bp左右。一般说，[[mRNA]]的3＇ 端非[[翻译]]区(3＇-UTR)是代表每个[[基因]]的[[比较]]特异的序列，将对应于3＇-UTR的EST序列进行RH定位，即可构成由基因组成的STS图。截止到1998年12月底，在美国国家生物技术[[信息]]中心([[NCBI]])[[数据库]]中[[分布]]的植物EST的数目[[总和]]已达几万条，所测定的人基因组的EST达180万条以上。这些EST不仅为基因组遗传图谱的构建提供了大量的[[分子标记]]，而且来自不同[[组织]]和[[器官]]的EST也为基因的[[功能]]研究提供了有价值的信息。此外，EST计划还为基因的[[鉴定]]提供了候选基因(candidantes)。其不足之处在于通过随机测序有时难以获得那些低丰度表达的基因和那些在特殊[[环境]]条件下(如生物胁迫和非生物胁迫)诱导表达的基因。因此，为了弥补EST计划的不足，必须开展基因组测序。通过[[分析]]基因组序列能够获得基因组[[结构]]的完整信息，如基因在[[染色体]]上的排列顺序，基因间的间隔区结构，[[启动子]]的结构以及[[内含子]]的分布等。

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