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由于测交一代的[[表现型]]类型和比例直接反映F1产生的配子类型和比例，可知F1不仅产生亲本型配子AB和ab（占多数），还产生了重组型配子Ab和aB（占少数）。上述现象的[[发生]]，是因为多数[[初级性母细胞]][[减数分裂]]时，两连锁[[基因]]间的非[[姊妹染色单体]]未发生互换，因此只形成两类数目相等的亲本型配子，少数初级性母细胞两连锁基因的非姊妹染色单体发生了互换，形成了数目相等的亲本型配子和重组型配子。所以，不完全连锁时，从[[总体]]来看，双因子杂种产生的亲本型配子数多于重组型配子数（图2）。由于不完全连锁基因同时具有连锁和互换的倾向，是生物的普遍现象，又由于对一定生物来说，两特定不完全连锁基因间的互换百分数是一定的，所以把不完全连锁基因的这种[[传递]]规律，称为连锁互换规律。

[[连锁基因遗传规律]]在理论上证实了基因位在[[染色体]]上，染色体是基因的[[载体]]，基因在染色体上呈直线排列，为基因定位奠定了理论基础；基因的连锁和互换，可使有利基因组合在一起和增加[[变异]]，因此有利于[[进化]]。在育种实践上可加强育种工作的预见性，如果选育的两性状属连锁遗传，且希望通过互换的非[[等位基因]]重组来选育新[[品种]]，则在相同选择效果的条件下，[[连锁群]]体的杂[[种群]]体要比[[独立]]遗传的大，且互换率越小，要求的杂种群体越大。此外还可提高选择效率，例如，[[大麦]]秆锈病一般要到抽穗后才发生，因此在生育[[前期]]无法[[鉴定]]和选择抗秆锈病植株。

后来发现，抗秆锈[[病大]]麦的苗期有一特点——叶片黄绿色。这是黄绿色基因和抗秆锈病基因连锁的结果。这样，在苗期只保留叶片黄绿色的幼苗，就相当于保留抗秆锈病植株。抽穗后，再复查一次，把抗秆锈病和丰产的选出来，这样可大大提高选择效率。