约在西汉时，佛教已流行于西部各地，随着西部与中原地区的经济文化交流，佛教遂传入内地。另一方面，东汉时期在中国产生的道教，沿袭了方仙道、黄老道和一些修行的方法，奉[[黄帝]]和老子为教主。尊《道德经》为经典。道教的修练方术有守一、[[行气]]、服食、房中等，与医药发展有着密切联系。
秦汉时期的科学技术有很大发展。《史记.天官书》详细记录了周天的星座，以及一些星体的运行情况。《汉书.五行志》中记载了“日斑”（秦汉时期的科学技术有很大发展。《史记·天官书》详细记录了周天的星座，以及一些星体的运行情况。《汉书·五行志》中记载了“日斑”（[[太阳黑子]]）。汉武帝时，太史令司马迁和天文学家洛下闳等人制作“太初历”，代替了秦代沿用下来的颛顼历。后来，刘歆作三统历。东汉时天文学家已认识到日蚀的原因，刘洪撰“乾象历”编绘了一幅月亮运行速度表。后世的历法部是基于上述历法而发展起来的。气象知识的积累，有监测仪器的研制使用，对自然现象的科学解释，对[[运气学说]]、病因学说的发展有一定的促进作用。
农学中反映的作物栽培、蚕桑，[[温泉]]温室的利用，对医药学的发展有着重要影响。数学、物理学、[[炼丹]][[化学]]，也在不同程度上为医药学不断提供理论知识和素材。
初步奠定药物[[方剂]]学体系。以《[[神农本草经]]》为代表，集东汉以前药物学术经验之大成，对历代[[本草学]]和方剂学发展有着深远的影响。《伤寒杂病论》所载方剂及方剂学理论，被尊为众方之祖。
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